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Diamond 4 分子結構軟體

Diamond 4 分子結構軟體

  • Diamond 4 分子結構軟體
  • 編號
  • 類別
    生化統計分析軟體
  • 介紹
    Diamond是傑出的分子和晶體結構顯示軟體.它結合了多種功能,可以用於含有晶體結構數據的工作,適用於教育,科學研究以及出版。Diamond像其它的軟體一樣不僅可以畫出精密的分子和晶體結構圖片,它還有一系列拓展的功能,它可以讓你很容易的從一套基本結構參數(晶胞,空間群和原子的位置)中模擬任意部分的晶體結構。
  • 價格

Diamond 4 Molecular Structure Software

What's new in Diamond 4 .
​​​​​​Automatic and batch structure picture creation  

• "Auto Picture Creator" docking pane automatically
  ap plieschan ges in building options, picture design
  and viewing direction directly to the structure
  picture.    
• Definition and application of "design schemes"
   (style sheets).    
• Enhanced automatic structure picture creation.    
• "Building schemes" (in Diamond 3 called "Auto-
   Build") and"Picture Creation Assistant" extended
   for packing diagram,and contact and H-bond
   options.    
 

Enhanced productivity    
• "Grab mode": New mode for more intuitive rotation,
   shifting or zooming during exploration of a crystal
   or molecular structure.    
• Neighbouring preview of atoms and molecules
   around the atom (bond, molecule) under mouse
   cursor.    
• Several options to use the mouse wheel to change
   properties(enlargement factor, zoom in/out,
  change atom radii) or to change surroundings
  (blow up polyhedra, expand molecule cluster, etc.).    
• Improved evaluation of bonding spheres
  (connectivity).    
• "Atomic environment" as additional (optional)
   criterion when filling a coordination sphere or
   adding coordination polyhedra.    
• Determination of atom site environments basing
  upon Dirichlet domains (Voronoi polyhedra).    
• Support of disorder parts to avoid unwanted
   connections between atoms of different parts.    
• Acceleration of structure picture drawing.
   Anti-aliasing.    
• Improved selection of objects from the structure
   picture(additive/subtractive selection).    
• Selection filter for object types to avoid inadvertent
   matching of wrong objects.    
• Atom design can be assigned to individual sites
  (rather than to atom groups only).    
• Random distribution of mixed sites' components
  (see "Atom Group and Site Designs" dialog).    

Extended functionality for molecules
and polymers 
   
• Packing diagram: Several options to create
  (cell range, sphere,slab, or slice of molecules)
  and how far to include molecules.    
• Connectivity dialog: Additional pages to define
   non-bonding contacts and forimproved handling
   of H-bonds.    
• Connection parameters, usually imported from
   "_geom_bond_xxx", "_geom_contact_xxx", and
   "_geom_hbond_xxx" loops in CIF.    
• Improved function to complete molecular
   fragments. New dialog to generate (symmetry
   -equiva lent) molecules.    
• Search for molecules in the neighbourhood of
   an atom or molecule.    
• Expand or reduce clusters of molecules.    
• Grow or cut molecular fragments or polymers
   step-by-step(that means: sphere by sphere).    
• Pump up or shrink multiple coordination spheres
   around selected atoms (especially for polymers).    

New polyhedron functions    
• "Atomic environment" as new optional criterion to
   define the coordination polyhedron's atoms.    
• Enhanced construction from atoms or bonds.     
• Combination or splitting of polyhedron faces
   by clicking.    
• Copy and paste of polyhedra between atoms
  of same site.    
• Creation of Voronoi polyhedra.    

Searching for structure data    
• Access to the crystal structure database COD
  ("CrystallographyOpen Database") including
  (amongst others) AMCSD ("American Mineralogist
  Crystal Structure Database") as well as CIF files from
   the IUCr journals.
• Small database of most frequent (inorganic)
   structure types, e.g.
• to insert data from or ready-to-use structure
   pictures from.    
• Improved searching of Diamond documents
   and structure files on your hard disk.    

Improved user interface    
• Better integration and correlation of the
   different views (structure picture, tables,
   powder pattern, etc.).    
• Editing of a structure picture side-by-side
   with the other pictures'thumbnails in a multiple
   picture document.    
• Enhanced possibilities to preview, resize, and
   arrange structure picture thumbnails.    
• Color coding of structural parameter sets.    
• Powder pattern, data sheet (brief or
   comprehensive), and distances table beneath
   structure picture graphics with
   enhanced correlation possibilities (e.g.
   distances around atoms currently selected in
   structure pictures)    
• Configurable data sheet.    
• "Atom list": Hierarchical list of atom groups, atom
   sites, and
   created atoms of structure picture, e.g. to edit
   properties and designs or to select from.    
• New tables for created molecules (or fragments)
   as well as for bond, H-bond, and contact parameters. 
• Atomic parameters dialog with report-like representa
   tion of atoms (which can be grouped for sites), with
   items that can be edited directly in the report.    
• "Recent pictures": Access the latest viewed and/or
   edited structure pictures - from current as well as
   earlier Diamond sessions.    
• "Undo buffer": Undo/Redo can be done now with
   multiple steps together, assisted by thumbnail
   pictures of the previous conditions.    
• Full screen view of structure picture.    

Special functions    
• Improved recording of structure pictures to create
   video sequences from.   
• Animated POV-Ray pictures or video sequences
   from POV-Ray pictures.    
• Export of structure picture as 3D model in Wavefront
   OBJ and STL format.    
• Start page with news channel and thumbnails of
   recently viewed structure pictures.     
• User-defined symmetry. Visualization of symmetry
   elements.    
• Bond valences.  
• Optional calculation of powder pattern using
   Debye formula basing upon the atoms currently
   present in the structure picture.  

 

系統需求

OS: 
Personal Computer with Microsoft Windows XP, Windows Vista, Windows 7, Windows 8/8.1 or Windows 10 operating system (note: does not run with Windows RT and does not run with Windows 10 when in "S mode")
Microsoft Internet Explorer 8 or higher

CPU:
Intel or AMD (or compatible) processor  with "x86" instruction set
RAM:
1 GB of RAM
HD:
3.8 GB of free disk space (6 GB during installation procedure, for unpacking of Crystallography Open Database)
OTHER:
Graphics resolution of 1024 x 768 pixels with 32,768 colors ("High Color") or higher (1280 x 800 pixels or more recommended)
DVD-ROM drive (for installation from DVD)
Microsoft-compatible mouse

 

Diamond 4 分子結構軟體

Diamond 4 最新消息
​​​​​​自動和批量結構圖片創建  

• “自動圖片創建器”對接窗格自動將建築選項、圖片設計和
​​​    ​​​​查看方向的更改直接應用於結構圖片。   
• “設計方案”(樣式表)的定義和應用。    
•  
增強的自動結構圖創建   
“構建方案”(在鑽石 3 中稱為“自動構建”)和“圖片創建助手
​   ​​​​​​”擴展為包裝圖,以及接觸和 H 鍵選項   
 

提高生產力    
• “抓取模式”:在探索晶體或分子結構過程中更直觀的旋轉、
​​   ​​​​​移動或縮放的新模式 。  
• 鼠標光標下原子(鍵、分子)周圍原子和分子的相鄰預覽    
使用鼠標滾輪更改屬性(放大係數、放大/縮小、更改原子
​​​   ​​​​半徑)或更改環境(炸毀多面體、擴展分子簇等)的幾個
​   ​​​​​​選項   
改進了對鍵合球體的評估(連接性)   
“原子環境”作為填充配位球或添加配位多面體時的附加
​​​ ​​​​(可選)標準    
基於狄利克雷域(Voronoi 多面體)確定原子位點環境。    
支持無序部分以避免不同部分的原子之間出現不必要的連接。    
• 結構圖繪製加速。抗鋸齒。  
• 改進了從結構圖中選擇對象(加法/減法選擇)。    
對像類型的選擇過濾器,以避免無意中匹配錯誤的對象。  
• 原子設計可以分配給單個站點(而不是僅分配給原子組)。   
• 混合站點組件的隨機分佈(參見“原子組和站點設計”對話
​​  ​​​​​框)。 
  

分子和聚合物的擴展功能    
• 堆積圖:創建的幾個選項(細胞範圍、球體、平板或分子切       片)以及包含分子的距離。   
• 連接對話框:定義非鍵合接觸和改進 H 鍵處理的附加頁面。   
• 連接參數,通常從 CIF 中的“_geom_bond_xxx”、“_geom
   _contact_xxx”和“_geom_hbond_xxx”循環導入。   
• 改進了完成分子片段的功能。生成(對稱等效)分子的新對
​  ​​​​​​話框。    
• 在原子或分子附近搜索分子。    
• 擴大或減少分子簇。    
• 逐步生長或切割分子片段或聚合物(即:逐個球體)。   
• 在選定的原子周圍泵起或收縮多個配位球(特別是對於聚
​  ​​​​​​合物)。   


新的多面體函數    
• “原子環境”作為定義配位多面體原子的新可選標準。    
• 原子或鍵的增強結構。     
• 通過單擊組合或拆分多面體面。    
• 在同一位置的原子之間複製和粘貼多面體。    
• 創建 Voronoi 多面體。
  

搜索結構數據    
• 訪問晶體結構數據庫COD(“晶體學開放數據庫”),
   包括(除其他外)AMCSD(“美國礦物學家晶體結構
​   ​​​​​​數據庫”) 以及來自 IUCr 期刊的CIF 文件。
• 最常見(無機)結構類型的小型數據庫,例如插入數據
   或隨時可用的結構圖片。  
• 改進了對硬盤上 Diamond 文檔和結構文件的搜索。
    

改進的用戶界面    
• 更好地整合和關聯不同的視圖(結構圖、表格、粉末圖案           等)。  
• 在多圖片文檔中與其他圖片的縮略圖並排編輯結構圖片。   
增強了預覽、調整大小和排列結構圖片縮略圖的可能性    
結構參數集的顏色編碼   
粉末圖案、數據表(簡要或全面)和結構圖片下方的距離表,     具有增強的相關性(例如,結構圖片中當前選擇的原子周圍
​   ​​​​​​的距離)   
• 
可配置的數據表    
“原子列表”:原子組、原子位點和創建的原子結構圖的分層
​​​   列表,例如編輯屬性和設計或從中選擇    
創建的分子(或片段)以及鍵、H 鍵和接觸參數的新表    
原子參數對話框,帶有類似報告的原子表示(可以按位點分       組),其中的項目可以直接在報告中編輯   
“最近的圖片”:訪問最新查看和/或編輯過的結構圖片
   - 來自當前和較早的 Diamond 會議    
“撤消緩衝區”:現在可以通過多個步驟一起完成撤消/重做,
​   並輔以先前條件的縮略圖 。   
結構圖全屏查看
    
特殊功能    
• 改進記錄結構圖片以創建視頻序列。   
• 動畫 POV-Ray 圖片或來自 POV-Ray 圖片的視頻序列。    
• 
將結構圖導出為 Wavefront OBJ 和 STL 格式的 3D 模型  
• 
帶有新聞頻道和最近查看的結構圖片縮略圖的起始頁。     
• 用戶定義的對稱性。對稱元素的可視化。    
• 鍵價。  
• 根據結構圖中當前存在的原子,使用德拜公式計算粉末圖案
​   ​​​​​​的可選計算。  

 

ADF 2020 量子化學軟體

ADF(阿姆斯特丹密度泛函數,Amsterdam Density Functional)是用於計算氣相或溶液環境中的原子和分子的  Fortran 程序。它可用於各種領域的研究,如分子光譜,有機和無機和化學,晶體學和藥物化學。ADF 軟體套件中的BAND程式是用於研究周期體系:晶體,表面,以及聚合物。

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CrystalMaker X 化學分子建構軟體

CrystalMaker X 是一個全新的程序,從頭開始為最新的 Mac 和 Windows 操作系統開發。每一行代碼都經過重新編寫,採用全新的面向對象架構、全新的基於 OpenGL 的圖形引擎、新的界面設計以及全新的、完全集成的結構庫。

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COSMOsim3D and COSMOsar3D 生命科學軟體

The COSMO-RS method has proven the σ-profiles as the crucial information for most ADME properties as solubility, blood-brain-partition coefficients, and intestinal absorption, and even for many adsorption phenomena. Considering this fundamental importance of the σ-profiles for surface interactions of molecules in liquid states, they most likely also carry a large part of information required for the estimation of desolvation and binding processes, which are responsible for the inhibition of enzyme receptors by drug molecules. Thus a high similarity with respect to the σ-profiles appears to be

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